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PubChem是药物研发中查找化合物结构、生物活性与文献关联的核心工具。由美国国立卫生研究院（NIH）下属国家生物技术信息中心（NCBI）运营，2004年启动，现已收录超过1.19亿种化合物、3.22亿种物质记录和2.95亿条生物活性数据点，数据来源超过1000个，完全免费开放。

按名称、结构式或CAS号检索化合物

PubChem支持多种检索方式：输入药品名、分子式、CAS号、SMILES或InChI均可快速定位目标化合物。用户还可以直接绘制结构式进行搜索，适合结构相似性比较。每个化合物页面提供详细的理化性质、光谱数据、毒理学信息以及安全操作指南。截至2024年9月，平台已整合4100万篇PubMed文献引用和5000万项专利关联，帮助研究人员从单一入口获取跨学科背景。

从生物活性数据到靶点与文献关联

对于药物化学家而言，生物活性数据是验证化合物潜力的关键。PubChem提供高通量筛选结果，包括IC50、EC50等定量数据，并关联靶点蛋白、基因和信号通路。2025年更新新增了文献整合面板和专利知识面板，支持化合物-基因-疾病共现分析，使研究者能快速评估一个化合物在多个疾病领域的活性谱。平台还整合了PDB蛋白结构数据，方便对接模拟前的结构准备。

化合物检索

PubChem完全免费，无需注册即可浏览所有数据。数据可下载用于商业用途，但需遵守数据来源署名要求。平台提供PUG-REST、PUG-View等API以及FTP批量数据下载，支持程序化访问。面向需要本地分析的用户，可以下载SDF、CSV等格式的完整数据集。同类数据库如ChEMBL、DrugBank、ZINC和PDB各有侧重，但PubChem在数据规模和覆盖面上具有优势，尤其适合需要跨物种、跨靶点比较的早期药物发现阶段。